Setelah lulus dari SMA Iwatobi, Haruka dan Makoto melanjutkan studi mereka di Tokyo. Di sana, Haruka bertemu dengan Shiina Asahi, teman masa SMP yang sekarang bergabung di tim renang Universitas Hidaka, tempat Haruka menempuh pendidikan tingginya. Sementara itu, Rin yang sedang berada di Australia dipertemukan dengan seorang eksentrik, dan klub renang SMA Iwatobi mendapatkan 3 anggota baru: Romio Hayahune, Ayumu Kunikida, dan Shizuru Isurugi.
